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在毛泽东主席、周恩来总理的关心支持下，学校的前身“新疆医学院”被正式纳入国家“一五”计划156个重点项目之中。学校始建于1954年，1956年7月建成招生。1998年6月，新疆医学院与新疆中医学院合并成立新疆医科大学。2016年8月26日，学校正式获批成为省部委共建高校。