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新疆大学前身是创办于1924年的新疆俄文法政专门学校。1935年1月改建为新疆学院。1960年10月1日，新疆大学正式成立。1978年，学校被国务院确定为新疆唯一的全国重点大学。1997年被列入国家首批“211工程”重点建设高校。2000年被确定为国家西部大开发重点建设高校；同年，新疆大学与原新疆工学院合并组建新的新疆大学。2004年，学校成为新疆维吾尔自治区人民政府、教育部“区部共建”高校。