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宁夏医科大学前身是1958年建立的宁夏医学院。1962年改称宁夏大学医学系。1972年，上海铁道医学院搬迁至银川，与宁夏大学医学系合并重建宁夏医学院。2002年，宁夏卫生学校、宁夏护士学校并入宁夏医学院。2008年8月，学校更名为宁夏医科大学。2014年，宁夏师范学院医学院并入宁夏医科大学。至此，学校成为宁夏唯一的医学高等教育学府。